高效性：能在同一PCR反应管内同时检测多种病原微生物，或对有多个型别的目的基因进行分型，特别是用一滴血就可以检测多种病原体；

 

　　系统性：很适合对成组病原体的检测，如肝炎病毒，肠道致病性细菌，性病，感染性细菌等；

 

　　经济便捷性：同时检测多种类型的病原可大大节省时间，节省成本，减少实验的复杂性。

 

　　多重PCR设计引物应遵循以下原则：

　　①引物长度：15-30bp，常用为20bp左右。

 

　　②引物扩增跨度：以200-500bp为宜，特定条件下可扩增长至10kb的片段。

 

　　③引物碱基：G+C含量以40-60%为宜，G+C太少扩增效果不佳，G+C过多易出现非特异条带。ATGC*随机分布，避免5个以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列。

 

　　④避免引物内部出现二级结构，避免两条引物间互补，特别是3'端的互补，否则会形成引物二聚体，产生非特异的扩增条带。

 

　　⑤引物3'端的碱基，特别是较末及倒数第二个碱基，应严格要求配对，以避免因末端碱基不配对而导致PCR失败。

 

　　⑥引物中有或能加上合适的酶切位点，被扩增的靶序列*有适宜的酶切位点，这对酶切分析或分子克隆很有好处。

 

　　⑦引物的特异性：引物应与核酸序列数据库的其它序列无明显同源性。